天正１５年（１５８７年）武藤氏が滅び庄内は越後の上杉氏そして慶長６年山形の最上義光の支配するところとなる。

慶長８年（１６０３年）大宝寺城は義光の隠居城として修復され、鶴ヶ岡城と改称する。

元和８年（１６２２年）最上氏改易の後、信州松代より酒井忠勝が入部。庄内１４万石（幕末１７万石）の本城としてそれにふさわしく整備拡充された。

酒井氏は徳川幕府譜代の大名として明治初年まで約２５０年間、庄内を治めるが戊辰戦争において抗戦の末官軍に降伏開城。

明治８年（１８７５年）鶴ヶ岡城解体。本丸、二の丸が公園となり本丸跡に荘内神社が建てられた。